Sebagai tindak lanjut dari pembekalan audit adalah pelaksanaan audit, direncanakan berlangsung selama 1 minggu mulai dari tanggal 31 Januari – 9 Februari 2018. Audit ditekankan pada pelaksanaan sistem manajemen mutu proses belajar mengajar atau pelaksanaan AMI pada program studi dan proses bisnis pada unit. Sejumlah 52 auditor dikerahkan untuk melaksanakan proses audit pada 60 sasaran diantaranya pada fakultas, prodi dan unit.