Audit Internal merupakan salah satu persyaratan yang harus ditempuh oleh Perguruan Tinggi untuk menjamin terselengganya proses penjamian mutu yang berkelanjutan. Audit Internal dilaksanakan secara rutin setiap 6 bulan sekali di UMS, dimaksudkan untuk meninjau tingkat kesesuaian dan efektifitas penerapan sistem manajemen mutu yang telah ditetapkan dan menjadi dasar arah strategi dan sasaran mutu. Selaian itu, dalam audit internal akan dievaluasi pelakasanaan kegiatan-kegiatan yang elah direncanakan pada fakultas/prodi/unit.